No ano de 1958, o Núncio Apostólico no Brasil, D. Armando Lombardi atendeu a solicitação dos Bispos do Rio Grande do Sul para a criação de mais quatro dioceses. A criação da Diocese foi no dia 25 de junho de 1960, através da Bula Papal Qui Divino consilio, do Papa João XXIII, onde fixava a sede na cidade de Bagé e a sua Catedral sendo a Igreja Matriz de São Sebastião. A instalação da Diocese de Bagé aconteceu no dia 24 de outubro de 1960, com a presença do Núncio Apostólico e de vários bispos do Estado. A Diocese de Bagé começou sem bispo. No ato da instalação, o Núncio nomeou o bispo de Pelotas como Administrador Apostólico da Diocese. No dia 25 de março de 1961, a Diocese de Bagé recebeu a notícia da nomeação do seu primeiro bispo. Era o Cônego José Gomes, pertencente ao presbitério da Diocese de Passo Fundo.
Dom José foi ordenado na Catedral de Passo Fundo, no dia 25 de junho, tomando posse como Bispo Diocesano no dia 16 de julho. A sua primeira missão como bispo foi a ordenação do Pe. Hermes da Silva Ignácio, na Igreja Matriz de Sant´Ana, em Livramento, no dia 23 de julho.No período de Dom José Gomes, tivemos a construção e inauguração do Seminário Menor São Pio X, na Vila Santa Tereza e a elaboração do Plano Diocesano de Pastoral.Com a sua transferência em 1968 para a Diocese de Chapecó, a Diocese de Bagé ficou vacante até a chegada de Dom Ângelo Mugnol.No dia 31 de janeiro de 1969, o Papa Paulo VI nomeou Dom Ângelo Mugnol para Diocese de Bagé. Ele tomou posse no dia 27 de março tendo como lema: Fiz-me servo. No seu período a Diocese adquiriu um local para a residência do bispo e para o trabalho pastoral. Também foram criadas as quatro áreas pastorais, que permanecem até hoje. No dia 12 de fevereiro, faleceu Dom Ângelo, aos 66 anos de idade, ficando a Diocese, mais uma vez, vacante.
Dois dias antes da morte de Dom Ângelo, o Papa João Paulo II nomeou o padre Laurindo Guizzardi como bispo coadjuntor de Bagé. Dom Laurindo foi ordenado bispo no dia 18 de abril, tomando posse no dia 25 de abril, tendo como lema: Tudo pelos eleitos. Dom Laurindo sendo foi muito próximo dos padres. Incentivou a Pastoral Presbiteral e a criação da Fraternidade Sacerdotal de Bagé. Também no seu período foi erigido o Santuário Diocesano de Nossa Senhora Conquistadora.
No dia 28 de novembro de 2001, Dom Laurindo foi transferido para a Diocese de Foz do Iguaçu, ficando a diocese novamente vacante. No dia 11 de dezembro de 2002 o Papa João Paulo II nomeia Dom Gílio Felício para Diocese de Bagé, tomando posse no dia 9 de março de 2003 com o lema: Evangelizar a todos. No seu período foi criada a quase paróquia de Santa Margarida Maria Alacoque em Santa Margarida do Sul.
Por motivos de saúde, Dom Gílio pede a renúncia aos 69 anos de idade e a diocese permanece vacante até a chegada de Dom Frei Cleonir Paulo Dalbosco. Dom Frei Cleonir toma posse como quinto bispo da Diocese no dia 16 de dezembro com o lema: “Eu vim para servir”.